此前学术界关于清代和卓家族以及清代新疆伊斯兰教问题的研究，在乾隆年间大小和卓叛乱及其先祖之由来等问题上，已有较多成果问世，但是缺少把宗教史与政治史相结合的研究成果，多数是将二者分别对待，且绝大多数成果集中在清代康乾时期以及更早的明朝末年的和卓问题上，而对有关清代新疆伊斯兰教的教派性质及伯克衙门的政教合一性等问题、道咸年间和卓后裔的历次叛乱及此后的相关问题，缺少系统、全面和深入的考察。本书经过数年的整理、解读、思索，全面总结这一研究论题，对于清代新疆政治史、宗教史的研究是具有较高学术价值，也有一定现实意义。

     潘向明，历史学博士，九卅体育娱乐官网清史研究所副教授，主要从事清代边疆史和中国近代政治、军事、外交史的研究与教学工作，已出版《清史编年》第11卷（九卅体育娱乐官网出版社，2000）等著作，并发表《清代新疆和卓家族研究》、《略论清政府在南疆地区的宗教政策》、《论醇亲王奕譞》、《甲午黄海海战研究》、《甲午黄海之役北洋海军缺乏炮弹说质疑》等多篇论文。

     但是，还不能就此认为当时清政府已使南疆社会实现了政教分离。如前所述，伊斯兰教本身就是政教合一性的宗教，它既是宗教信仰，又是社会制度，至少在20世纪以前的伊斯兰教社会中，是没有宗教和世俗的明确区分的。清前期南疆的伯克衙门本身也是一个具有政教合一性质的司法兼行政机构，其中的司法、教育和宗教事务都是由宗教职业者管理和掌握，且其所谓司法，就是对教法（沙里亚）的执行；所谓教育，也是宗教知识的普及与提高，而宗教事务更是宗教人士自己管理的事情。清政府既然把这一机构加以沿用，便势必也将其宗教属性同时延续下来。因此，仅只不让清真寺系统的阿訇干预伯克衙门之事，只是一定程度的政教分离，还远不是真正意义上的政教分离。直到光绪间新疆建省之后，取消了伯克衙门，才使政府机构彻底摆脱了政教合一性，在行政层面实现了真正意义上的政教分离。而在此之前，清政府在南疆的施政一直受到伯克衙门政教合一性的影响，例如在司法领域，从乾隆年间至同治初年，始终被所谓“查经议罪”问题所困扰。

    所谓“查经议罪”，就是依据伊斯兰教法（沙里亚）对当地发生的民事、刑事案件进行审理。是为当地传统政教合一社会中的固有现象，但在清政府统一治理之下就必须逐步改变此种不合理的旧有习俗，在司法领域推行全国统一的《大清律》，以适应社会进步和国家统一的需要。但此种习俗根深蒂固，加之传统宗教势力的竭力坚持，遂使司法实践中长期存在一种矛盾，即适用全国统一的世俗性法律与沿用“查经议罪”旧有习俗的矛盾。就清廷而言，当然希望普遍推行内地法律，以深化国家的统一程度。但事实上，从乾隆间直至同治初年，当地官员在给清廷的奏折中总是一再出现所谓“查经议罪”之事，虽受到清廷的训斥，却不能杜绝。